När USS Enterprise återvänder till rymddockan för reparationer på grund av striden med Khan 2285. Fortsätter Kirk att sörja Spocks död. Plötsligt går McCoy in i Vulcanens förseglade rum, babblande osammanhängande. Vid ankomsten till Jorden, blir McCoy inlagd på sjukhus. Scotty blir förflyttad till USS Excelsior, och den nyligen skapade Genesisplaneten blir förbjudet område av Rymdflottans Ledning. Kirk blir sedan informerad om att USS Enterprise kommer att bli nedmonterad.

I Kirks lägenhet konfronteras han av Sarek, Spocks pappa som talar om för honom att Spocks kropp skulle ha förts till Vulcan så att hans katra, kunde ha placerats i en gammal Vulcan gravplats på Berget Seleya. Sarek säger åt Kirk att han måste hämta kistan från Genesisplaneten, och då Spock har utfört en sista minuten Vulcansk sinnessammansmältning med McCoy. Och genom detta överfört sin "katra" eller själ, gör att läkaren också måste följa med till Vulcan.

Men Rymdflottan vägrar att tillåta det föråldrade USS Enterprise att lämna rymddockan. Utsläppt från sjukhuset, och ställd inför denna nyhet, försöker McCoy att hyra ett skepp för att ta sig tillbaka till planeten. Sedan startar han ett bråk, och blir på grund av detta arresterad, i väntan på en psykiatrisk utvärdering. Arresteringen visar sig vara fruktlös, för McCoy rymmer med hjälp från Kirk, Scott, Sulu, Uhura och Chekov. Sedan strålar besättningen sig själva till det öde Enterprise. Och för att undvika förföljare, avlägsnar Scotty en väsentlig motordel från USS Excelsior. Och i vetskapen att dom troligen förstört sina karriärer, tar dom sex vännerna ut Enterprise för en sista resa.

Under tiden har Klingons hört talas om denna nya Genesisapparat och planet, och dom är rädda att detta kan var ett nytt Federationsvapen. Skickas Kommendör Kruge iväg, för att antingen förstöra eller stjäla den värdefulla apparaten.

Ombord på USS Grissom, anländer David Marcus och Löjtnant Saavik till Genesisplaneten för att utföra vetenskapliga observationer. Det dröjer inte länge förrän deras skanners upptäcker en livsform, nere på ytan. Förbryllade transporteras de två ner till planeten, väl där finner dom Spocks tomma kista. Dom spårar livsformen och hittar den levande kroppen av Spock som barn, som åldras med en otrolig hastighet. Men han saknar ett medvetande och själ.

Plötsligt dyker Klingons upp och förstör Grissom, och tar Saavik, Marcus och den unge Spock till fånga. Kort därefter anländer USS Enterprise till Mutara Sektorn, och blir angripna av Kruge och hans Klingon band. Klingons hotar att döda sina fångar, vilket får Kirk att testa en bluff för att åter ta över kontrollen över situationen, men detta lyckas inte. David Marcus dödas av Klingons. Utan några andra val, ger Kirk upp, men i ett sista desperat försök att få övertaget. Aktiverar han skeppets självförstörelsemekanism. Den lilla besättningen på Enterprise strålar sedan ner till ytan på planeten, där dom bara kan se på när deras historiska rymdskepp förintas i en ljusblixt. Och tar med sig större delen av Kruges gudlösa besättning.

Kirk och och hans grupp befriar Spock och Saavik från Klingons, och får reda på att ett ostabilt element som använts i Genesisapparaten hotar planetens stabilitet, som troligen kommer att explodera inom kort. En av faktorerna i denna instabilitet hursomhelst, är den föryngrade effekt som den haft på Spocks kropp. Med planeten som snart når kritisk massa, når Spock till sist den ålder som han hade vid sin död ombord på Enterprise. Kruge är fortfarande vid liv ombord på sitt Klingon Bird-of-Prey är mycket arg på grund av sina kamraters död, tar sig ner till planeten. Där slåss han man mot man med Kirk, som till slut dödar honom. Enterprise besättning, Saavik och Spock flyr sedan i Kruges Bird-of-Prey. Precis när planeten förintas i en våldsam explosion, ett offer för sin egen farliga utveckling.

Under Sareks diplomatiska beskydd, skyndar sig det Klingonska skeppet till Vulcan. Väl där inleds den riskfulla ceremonin fal-tor-pan, då Spocks katra som befinner sig i McCoys sinne, och som nu överförs till den Vulcanska kroppen. Med ceremonin som till synes blivit lyckad, börjar den återuppväckta Spock den långa resan, att komma ihåg sitt förflutna och sina vänner. Han frågar varför Enterprise besättning riskerade sina liv, och karriärer för att rädda honom. Som hans vän Jim påminner honom, ibland "väger behovet för en, behovet för massan."

Star Trek, Star Trek: The Next Generation, Star Trek: Deep Space Nine, Star Trek: Voyager and Enterprise are Registered Trademarks of Paramount Pictures® registered in the United States Patent and Trademark Office All original sound recordings and images are copyright Paramount Pictures© No infringement of Paramount's copyrights are intended.