I Enterprise arrest informerar Archer sin fånge Reed, om läget: Dom angripande Klingona ändrade skeppets maskinkod, och om Enterprise sänker hastigheten till under warp 5, så kommer reaktorn explodera. Archer har en plan att ta ombord Trip från Columbia, men han behöver Reeds hjälp.

Enterprise och Columbia som bägge flyger i halsbrytande fart, placerar sig i formation. Reed placerar ut en kabel från skyttelrum 2. Som Trip använder för att ta sig från ett skepp till det andra, när han kommit ombord på Enterprise sätter han igång sin plan. Att stänga av skeppets warpreaktor, och starta om datorn för att rensa bort den skadliga koden. Enterprise placeras inuti Columbias warpfält, för att kunna bibehålla hastigheten under denna manöver. Planern är inte utan risk, men den är framgångsrik, och Enterprise fungerar nu utan problem.

På Qu'Vat talar Antaak med Phlox, som knappt är vid medvetande efter att misshandlats svårt. Efter att han granskat Phlox forskning, tror Antaak att läkaren upptäckt en svaghet i viruset som orsakar epidemin bland Klingons. Det kan finnas ett sätt att stoppa dom genetiska effekterna, under ett tidigt stadium. Vilket betyder att det kommer att visa förändringar, hos dom smittade Klingonens utseende, men inga ytterligare utveckling, som förstärkt styrka och snabbhet. Detta betyder att Phlox och Antaak bör kunna bota viruset, men detta betyder att det inte kommer resultera i de Klingon-Augments som K'Vagh vill ha. Antaak föreslår att han och Phlox, helt enkelt håller denna del hemlig från K'Vagh. Då Phlox inser att detta kan vara det enda sättet att finna ett botemedel, går han med på att göra det.

Under tiden rapporterar dom metageniska Klingonen, som bordade Enterprise till K'Vagh. Deras ledare Laneth berättar för K'Vagh att Enterprise förstörts och Marab, som är K'Vaghs son dödades av människorna. K'Vagh stormar in i labbet och frågar Phlox och Antaak om en uppdatering. Phlox svarar att han är nära att fulländad Augment-genom, men han behöver mer tid.

Ombord på Enterprise har Archer upptäckt Reeds kommunikationer med den mystiska Harrisen, och beordrar Reed att skicka ett meddelande till denne. Något senare tar Harris kontakt med Archer. Han säger till kommendören att Phlox måste avsluta sin uppgift, och finna ett botemedel. Om Archer försöker ingripa, kommer efterverkningarna ha allvarliga implikationer för hela världar. Reed ber om ursäkt till Archer för sitt bedrägeri, och avslöjar att han blev en del av en del hemliga operationer, då han fänrik, och han hade trott att hans medverkan var över. Löjtnanten beslutar att hans lojalitet ligger hos Archer, och berättar för honom att Rymdflottans Underrättelsetjänst tror att Klingonen har en genetisk forskningsanläggning kolonin Qu'Vat.

Phlox arbetar ursinnigt på Qu'Vat, men han har inte mycket tid på sig. Under K'Vaghs order, smittar han K'Vagh, Antaak, och två Klingonvakter med olika stammar av viruset för att ta reda på vilken av dem som rymmer boten. Plötsligt kommer Archer och Marab in i labbet. Archer och K'Vagh grälar, men Phlox avbryter dem, han behöver endast lite mer tid för att finna ett bot för epidemin. K'Vagh är arg över att Phlox ljugit om att han arbetat med Augmentgenen, men läkaren påpekar att det endast finns ett sätt att hindra Marab från att dö.

Tyvärr håller Phlox tid ta slut snabbare än han räknat med. Flottamiral Krell och hans skepp närmar sig, och dom är redo att tillintetgöra Qu'Vat-kolonin. Enterprise och Columbia gör sitt bästa för att hålla Klingonskeppen borta ett tag, medan Phlox fortsätter sitt arbete. Phlox säger sen att det finns ett sätt att snabba upp processen, han behöver en människa som värd för att reproducera antikroppar och avsluta antiviruset. Archer anmäler sig som frivillig.

Planen fungerar och när Archers panna börjar höja sig, vrålar han i smärta, Phlox tar ett prov av botemedlet. Sen får han Antaak att transportera starkt prov av det metageniska viruset till Krells skepp, och om Krell stänger av sina vapen, kommer Phlox att ge honom botemedlet. Krell anser att detta är ett fegt angrepp, men han har inget annat val än att dra sig tillbaka. Klingons Högsta Råd går med på att distribuera botemedlet, över hela Imperiumet.

Ombord på Enterprise undersöker Phlox, klingonen Antaak. Efter att dom smittats av viruset, har Klingonläkarens pannkam helt försvunnit, han har blivit en metagenisk Klingon. Antaak är lite upprörd och talar om att miljoner Klingons nu är tvungna att leva med denna kosmetiska ändring, som kommer att föras vidare till deras barn. Som vanligt hoppfull talar Phlox om för honom, att det kan vara möjligt i framtiden, att vända effekterna. Rörd av sin nya väns hjälp, tackar Antaak Doktor Phlox.

Samtidigt kontaktar Harris, Reed ännu en gång. Men löjtnanten är orubblig, han säger rakt på sak till Harris att aldrig kontakta honom igen. Reed säger att från och med nu, lyder han endast en överordnade - Kommendör Jonathan Archer.