Fast på den vetenskapliga rymdstationen Cold Station 12, som inom kort kommer att fyllas med dödliga patogens. Som släppts lös, lyckas Kommendör Jonathan Archer precis att avleda dem innan han transporteras tillbaka ombord på Enterprise, endast några sekunder senare så hade han dött av dess effekter. Nu mer än någonsin, drivs Archer av lusten att spåra upp Dr. Arik Soong och Augments i deras kapade Klingon bird-of-prey medan dom söker en fristad i ett isolerat område, för att "föda upp” tusentals Augmentembryos.

Ombord på det Klingonska skeppet ifrågasätter Malik, som ser sig själv som Augments sanna ledare, Soongs ledarskap. Och Soong blir chockad när han får höra att i stället för att flyga till en skyddad zon, har Malik designat en mycket avskyvärdare plan. Han har för avsikt att använda de patogens som han stal från Cold Station 12, och införliva dem i skeppets torpeder och angripa den Klingonska kolonin Qu'vat.

Hans plan är att få Klingonerna att lägga skulden på människorna på den kommande tragedin, och Malik vet att krig skulle utan tvivel bli resultatet, och som skull hålla Klingons och rymdflottan upptagna i stridigheter medan Augments blir allt starkare. Senare upptäcker Malik att Soong har beslutat sig för att manipulera DNA-t på embryona, för att göra dem mindre våldsamma. Malik inser även att Soong måste ha fixat "misstag” i hans generation  Augments också.

Ombord på Enterprise funderar Archer och hans besättning på hur dom ska spåra upp Soong och Augments. Men när Archer får kontakt med dem, ger Soong order om anfall, och deras skepp inleder en strid. Men när Archer känner att stoppa Soong och hans "ättlingar” är nära förestående, lägger Soong sig i bakhåll för dem genom att strandsätta en kvinnlig Denobulan i en skyttel då han vet att Archer kommer att försöka rädda. Även om det är på det viset, så lovar Archer att han kommer att möta Soong igen.

Efter deras oväntade omväg, tar Archer till sig besättningens expertis för att hitta Soongs bird-of-prey ännu en gång. Men problemen pyr för Soong ombord på hans skepp. Malik har stängt in dom andra ledar-Augments, inkluderat Soongs favorit Persis. För att avlägsna Soong från ledningen och placera honom i en cell ombord. Soong blir knappast överraskad, men han förstår även att han måste stopp Maliks dödliga plan: Den kommer endast att bevisa vad alla sagt om Augments, och som ett resultat kommer alla Augments att dödas.

Persis hjälper Soong att fly i en skyttel, och han anropar den ende han kan, en överraskad Archer. Archer är inte helt övertygad om att den dubbelspelande Soong har gått över på hans sida, även med sitt scenario att Malik har planerat att angripa en Klingonsk koloni. Men Soong lyckas att bevisa det han säger, med bevismaterial från det stulna patogens. Med denna information får Archer, Soong att arbeta med Enterprise besättning än en gång för att hitta Augments' skepp och ta hand om deras dödliga torpeder.

Malik som upptäckt Soongs flykt, han har kommit underfund att det är Persis som är förrädaren och dödat henne, innan han tar över befälet för skeppet och förbereder angreppet mot kolonin. Kort därefter skyndar han på arbetet med att slutföra sitt dödliga uppdrag, innan Enterprise hinner dit. Men dom två är snart inbegripna i en strid, efter att Enterprise lyckats med att ändra torpedernas kurs, och utsätta Augments för svåra skador.

Men denna prestation verkar bara uppmuntra Malik ytterligare då han förbereder en fortsatt strid med Enterprise. Vid denna tidpunkt bönar Soong till Malik att stoppa striden, och rädda sina syskon. Men kort därefter sliter en explosion sönder det Klingonska skeppet, men Malik har kommit undan genom att stråla över sig till Enterprise, för att döda Soong. Det blir Archer som räddar Soong, genom att skjuta och döda Malik.

Medan Archer har gett Soong viss överseende efter att han hjälpte dem rädda Klingonkolonin, blir läkaren ändå tvungen att återvända till fängelset. Även om Soongs senaste forskning slutat så illa, bestämmer han sig för att övergå till andra studier … Den här gången, har han tänkt koncentrera sig på artificiella livsformer.