På Jorden i närheten av Polcirkeln, hittar ett forskarteam vrakdelar från ett utomjordiskt skepp och ett par nerfrusna lik. Vraket har legat där i närmare 100 år, men när dessa cybernetiskt förbättrade kroppar tinats ett tag. Börjar nanoteknologin i deras blodström, att reparera och återuppliva dem. Efter att dom vaknat upp kidnappar dom forskarna, och sedan modifierar dom deras transportfarkost till att klara av snabbare warphastigheter och lämnar Jorden. Amiral Forrest beordrar Enterprise att försöka befria forskarna.

Lite senare när en Tarkaleansk fraktare skickar iväg en automatisk nödsignal, upptäcker Archer att främlingarna har lagt till vapen till det tidigare obeväpnade transportskeppet. Besättningen ombord på Enterprise räddar två skadade Tarkaleaner från deras skadade farkost, men de två har blivit modifierade med nanosonder av de okända utomjordingarna och går till angrepp mot Dr. Phlox när han försöker att behandla dem. Under tiden kommer Archer ihåg att han läst någonting om att Zefram Cochrane sagt att under deras första kontakt med Vulcanerna.

Hade cybernetiska varelser från framtiden gått till angrepp, och att dom jagades iväg av människor från framtiden. T'Pol misstänker att detta endast varit osammanhängande prat från en alkoholpåverkad historieberättare, men Archer är ändå orolig att det kan vara samma varelser som dom följer efter har mycket gemensamt med det mystiska hotet från Cochranes era.

De förändrade Tarkaleanerna som angripit Phlox flyr sedan från sjukavdelningen och börjar att göra modifieringar på skeppet, bland annat så injicerar dom någonting i skeppets plasmareläer. Och Archer blir tvungen att skicka ut dem i rymden för att skydda sin besättning, men skadan är redan gjord och Phlox har långsamt börjat att bli övertagen av nanosonderna i sin kropp.

Efter att man upptäckt att varelsernas motstånd mot deras faspistoler, kommer Reed upp med en plan att modifiera vapnen. Men när Enterprise hinner ikapp transportfarkosten, skickar skeppet iväg en signal som aktiverar den nya teknologi som Tarkaleanerna modifierat. Detta slår av Enterprise vapen och huvudkraft. Ett ljudanrop informerar besättningen, "Ni kommer att bli assimilerade. Motstånd är meningslöst."

Med hjälp av Enterprise transportör, bordar Archer och Reed den andra farkosten med sprängmedel i bagaget medan ett flertal utomjordingar bordar Enterprise för att verkställa sitt hot. Ombord på transportfarkosten upptäcker Archer att forskarteamet från Nordpolsområdet inte kan anses vara mänskliga längre och förintar farkosten, innan hans egen besättning råkar ut för samma öde.

Under tiden har Phlox vars immunsystem har visat sig ha ett visst motståndskraft mot de främmande nanosonderna, behandlat sig själv med en mycket hög dos Omikronstrålning som han vet kommer att göra honom mycket försvagad även om det förstör teknologin. Han överlever och varnar Archer att medan han hade dessa nanosonder i sin kropp, upplevde han en telepatisk koppling till ett gruppmedvetande. Han hörde en numerisk serie om och om igen.

När Archer senare analyserar data från det inträffade, inser han att nummerserien representerar rymdkoordinaterna till Jorden. Datan hade skickats djupt in i Deltakvadranten. T'Pol informerar honom att det kommer att ta ungefär 200 är för ett subrymdsmeddelande att färdas så långt, men Archer tror att dom endast senarelagt en invasion till det 23e århundradet.