Archer befinner sig på Jorden, men efter att Xindis vapen förstörts skickas han tillbaka i tiden till år 1944. Och Nazisterna har invaderat USA.

Med hjälp från Silik, spårar Archer upp den tidsagent som ändrat Jordens förflutna, och hotar att förstöra tiden.

När NX-01 till sist återvänder till Jorden, ställs dom uttröttade besättningsmedlemmarna inför efterverkningar av deras resor, både positiva och negativa.

När genetiska övermänniskor som är en kvarleva från Rashygienkrigen, kapar ett Klingonskepp. Måste Archer lita på deras skapare, brottslingen Dr. Arik Soong, till att hjälpa dem jaga dem och förhindra ett interstellärt krig.

Arik Soong leder sitt band bestående av Augments till en medicinsk anläggning, där hundratals genetiskt manipulerade embryon fortfarande förvaras. Och han har för avsikt att återvinna dem, och ge dem liv.

Stick i stäv med sin "fader" Arik Soong, tänker Augments ut en fruktansvärd plan mot Klingons som med säkerhet kommer att leda till ett interstellärt krig.

Jordens ambassad på Vulcan utsätts för ett bombattentat, och den efterföljande utredningen placerar Archer och T'Pol på spåret efter en Vulcansk religiös grupp som gömmer sig i en förrädisk öken.

Archer och T'Pol stöter på Syrranniterna, som är en radikal grupp som gömmer sig i den Vulcanska öknen, medan besättningen på NX-01 tävlar med Vulcanska maktknep.

Archer, T'Pol och T'Pau försöker att föra Kir'Shara "en artefakt som tros innehålla Suraks originalskrifter", till den Vulcanska huvudstaden, när NX-01 blir inblandade i ett Vulcan-Andorian sammanstötning.

Skaparen av transportören Emory Erickson, kommer ombord på Enterprise, för ett riskabelt experiment.

Ickekroppsliga rymdvarelser studerar Enterprise besättning, när dom reagera på till en dödlig virusinfektion som förts ombord under ett uppdrag.

Enterprise resor till Babel med en Tellarite ambassadör ombord, för att där medverka i fredsförhandlingar med Andorianerna. Tar man emot en nödsignal från Shran.

Archer gör ett försök att förena Andorianer, Tellariter och Vulcanerna i en plan att få fast ett marodörskepp som hotar att destabilisera hela regionen.

Archer besöker Shrans isiga hemvärld för att finna en Andoriansk underras kallad Aenar, för att fastställa deras koppling till plundrarangrepp mot skepp i regionen.

När Enterprise anländer till Jorden för rymdskeppet Columbias jungfrufärd, blir Phlox kidnappad och tvingad till att Klingonerna att ta hand om ett allvarligt hot mot deras ras.

Med hjälp från Columbia, då Enterprise brottas med sabotage ombord när dom jagar sanningen bakom Phlox kidnappning.

Som en gåva inför några förhandlingar med Orionsyndikatet, får Kommendör Archer tre Orion Slavflickor.

I spegeluniversumet anstiftar Kommendörkapten Archer ett myteri mot Kommendör Forrest, för att fånga ett jordskepp från framtiden som hittats i Tholianskt rymdområde.

I spegeluniversumet tar Archer över befälet ombord på det 24-århundradets Defiant, från Tholianerna och använder det i ett skändligt maktövertagande.

En främlingsfientlig grupp människor hotar att underminera samtalen, om att skapa en ny planetkoalition.

En isolationistledare på Jorden hotar med att förinta Stjärnflottans Högkvarter, om inte alla utomjordingar lämnar planeten omedelbart.

Sex år in i framtiden, en känslosam Kommendör Archer och hans besättning återvänder till Jorden, för att ställas inför Rymdskeppet Enterprise slut, och undertecknandet av Federationsavtalet.