I den spännande säsongsöppnaren, dyker de överlevande medlemmarna i Mutant X upp ur en dödlig explosion. Där möter dom den vackra och mystiska Lexa, som får dem att börja ifrågasätta fundamentala antaganden angående deras värld.

Mutant X är tvungna att stoppa en auktion, där ett mycket dödligt ämne som ett antal ökända internationella terrorister är ute efter.

Mutant X anlitas för att hjälpa till vid en militärbas, som blivit infekterad med en dödlig sjukdom.

Mutant X uppdrag denna gång, är att stoppa en seriemördare. Han har lämnat ledtrådar angående sina nästkommande offer i formen av pussel.

Lexa blir utan att själva känna till det, drogad med en dödlig substans. Och teamet måste skynda sig för att finna motgiftet, innan det är för sent.

Mutant X kallas in för att utreda bisarra aktiviteter, som förekommer vid ett lokalt sjukhus.

Mutant X ger sig ut på ett uppdrag för att lokalisera och fånga in en kraftfull super-mutant, som besitter gudliknande krafter.

Jesse blir tvungen att åter förbinda sig med sin före detta fästmö, när Mutant X får reda på att hennes företag är inblandat i genetisk manipulation av grödor.

En hämndsökande cybernetisk mutant använder sina förmågor, för att ta över Fristadens säkerhetssystem. I en ondskefull plan för att förinta Mutant X.

Mutant X teamet får höra talas om Lexas tvillingbror, när han blir huvudmål för en underjordisk verksamhet som skördar mutanters organ.

Brennan och dom andra i Mutant X slår sig ihop med en tidsresande mutant, för att avaktivera en bomb som kommer att orsaka förödande konsekvenser.

Medan Brennan och Shalimar utreder en mystisk flygolycka, funderar Lexa på sin egen framtid med Mutant X teamet.

När Mutant X kämpar med att hämta en formel som gömts i en konstsamling, Shalimar får vital information från en mystisk källa.

Mutant X spårar upp en skurkaktig vetenskapsman medan Shalimar, bryter sig iväg från teamet för att hjälpa Adam. Rädda vetenskapsmannen och avslöja en riktigt ond snubbe.

Brennan blir tvungen att återvända till sitt kriminella förflutna, när Mutant X upptäcker att hans gamla partner är inblandad i att stjäla hemligheter från Dominion.

Mutant X avslöjar ett gammalt militärexperiment, som innefattar ett åldersstoppande serum och blir överraskade när dom även upptäcker att Jesses farfar är en av försökspersonerna.

När man upptäcker att deras kollega Lexa, utsatts för ett hemligt experiment som kontrollerar henne, ger sig Mutant X ut på jakt efter läkaren som är ansvarig.

När Jesses liv är i fara , måste Brennan förena sig med honom och leda honom genom gamla minnen som dom delat, för att kunna rädda hans liv.

Mutant X är tvungna att stoppa en vetenskapsman, som klonar kvinnor som sedan används som slavar i hans ultra-exklusiva herrklubb.

Brennan strider mot en Profetians Väktare, för att stoppa den avlidna mutanten Ashlockes plan att från graven ta över världen.

Lexas misstankar leder Mutant X till att röja ett resande dödsläger, som utger sig för att vara en circus för mutantflyktingar och Mutant X fiende inom Dominion.

Teamet avslöjar många av dom mysterier som omgärdar Mutanterna, efter att Dominion fångar Lexa och Jesse.