Brennan sitter fängslad inne på Genomex efter att han riskerat sin egen säkerhet för att rädda Emma, från de agenter som var ute efter henne. Emma kom undan men Brennan, blir fast och han lyckas att ta sig ut och jagas genom korridorerna men blir åter fast när han kommit fram till ett stort labb. Thorne och Eckhart dyker upp och fångar Brennan igen, och för honom till ett mindre labb där dom placerar en dämpningsregulator i hans nacke. Denna apparat kommer att ge dem kontakt med Brennans DNA, vilket ger dem kontroll över hans tankar och rörelser medan dom försöker utnyttja hans speciella förmåga.

Eckhart informerar honom att han från och med nu kommer att arbeta för den Genetiska Säkerhetstjänsten, och hjälpa dom med att fånga in Emma. Vid Fristaden har Adam och dom andra fått reda på att Thorne och Eckhart, håller Brennan fången. Senare försöker Shalimar, och ett dussin andra nya mutanter att få fart på alla nya filer. Dom fixar till det nya säkerhetshuset som Adam gett order om, och försäkrar sig om att man har möjligheten att försvinna på ett ögonblick.

Samtidigt får Thorne fatt på Ruby, och fängslar honom efter order från Eckhart, vars bokhandel även är ett av Mutant X gömställen för nya mutanter och för honom till Genomex. Vettskrämd avslöjar Ruby att han är en "ESPer" med förmågan att läsa andras tankar, inkluderat Eckharts. Ruby blir mycket rädd när han läser Eckharts tankar, och det slutar med att han avslöjar information angående det nya gömstället för att skydda sig själv. Brennan blir äcklad av Rubys förräderi.

Vid det nya gömstället inser Jesse, att alla utom Ruby är där. Plötsligt hörs en explosion och Thorne kliver in med Brennan vid sin sida. När han ger order till Brennan att göra slut på Jesse, tvekar han innan han skapar en kula bestående av elektricitet som därför passerar rakt igenom Jesse. Som fått tid att förändra sin kropps täthet till att bli genomtränglig, och slår ut de två agenter som står bakom honom. Mitt i allt kaos, lyckas Jesse att ta sig ner genom golvet och försvinna. Därefter återvänder han till Fristaden, där informerar han resten av gruppen om angreppet, och Emma lovar att använda sin förmåga för att finna Ruby, som kontrolleras av Eckhart.

Ombord på VTOL flygplanet, gör Adam en DNA-analys på Emma. Medan hon försöker få en telepatisk kontakt med Allison, Vince och de andra nya mutanterna, men detta misslyckas. Hon lyckas inte att se att dom hålls fångna vid en GSA anläggning. Men vid hennes andra försök, är Emma kapabel att finna Brennan som är tillsammans med Thorne vid Genomex labb. Vid GSA anläggningen, säger Eckhart till sina fångar att det var Ruby som avslöjade dem för att rädda sitt eget skinn. De nya mutanterna blir förkrossade av denna nyhet.

Under tiden söker Thorne och Brennan igenom staden efter Emma, dom får syn på henne och börjar jaga henne. Och när Thorne fångat henne, tar han henne till förvaringsplatsen för att hon ska kunna möta Eckhart. Han visar sig vara mycket nöjd att både hon och Brennan, har infångats. Eckhart har sällskap av tre säkerhetsagenter, varav den tredje är Jesse förklädd i en GSA uniform. Plötsligt dyker Shalimar upp och slår ner en grupp vakter, medan Adam avaktiverar allas dämpningsregulator. Jesse informerar de tillfångatagna att deras dämpare har stängts av. Vilket ledar till att även dom går till angrepp mot Eckharts män.

Plötsligt står Adam ansikte mot ansikte med Eckhart, och han informerar honom att han har laddat upp ett virus i Genomex datorsystem som kommer att radera alla filer, en efter en. Eckhart skakar av ilska och börjar springa. Alla återvänder sedan till Fristaden, där Brennan och Emma får sina Mutant X Kommunikationsringar, vilket officiellt gör dem till medlemmar i Mutant X teamet.