Under ett flyktförsök från hemliga regeringsagenter, och Emma blir räddad av Shalimar och Jesse, som också har ovanliga krafter. Brennan använder sin elektriska talan för att begå brott, men han fångas snart in av Mason Eckhart.

När Brennan försöker fly från Eckhart, blir han åter infångad innan han tagit sig ut från Genomax. När han åter fängslats ger dom honom ett medel, som avhåller honom från att använda sin kraft. Mutant X är fött och Brennan och Emma går med i gruppen.

Brennan och Jesse försöker rädda Tina, som jagas av två Ryssar. Men Brennan skjuts med ett gevär som neutraliserar en mutants kraft, och som till sist dödar dem.

Shalimar stöter på en annan Djurisk mutant, Richard Saunders som arbetar som forskare på Genomax. Paret delar en omedelbar djurisk attraktion. Richard har utvecklat ett sätt att vända mutationer, som skulle göra honom till en normal människa. Shalimar går med på att också göra sig av med sin mutation.

Kilohertz, AKA Barry Sterling misstänks för att vara en ny mutant, GSA och Mutant X vill ha honom efter att han tagit över tv-sändningar. Bägge grupperna spårar upp Sterling, han nås först av Muntant X, där försöker han ta över Fristadens system.

Rick en underledare för den Underjordiska rörelsen utsätts för en sjukdom som gör att han förlorar kontrollen över sin kraft. Man förstår att denna sjukdom är en pest som drabbar alla mutanter, och Mutant X arbetar tillsammans med Eckhart för att få fram ett botemedel.

Ashley och Eric är på flykt från Cross, som är en prisjägare. Mutant X får tag på Ashley, men Eric fångas av Cross. Brennan och Ashley delar en elektromagnetisk attraktion, och Ashley absorberar hans energi.

Toni är en ny mutant och datahacker som Jesse blir kär i. Eckhart kidnappar Toni och tvingar henne att kopiera Proxy Blue med sitt eget meddelande.

Joshua, en ung mutant med en pyrokinetisk förmåga blir kidnappad. Shalimar undersöker brottsplatsen och hittar bevis som leder Jesse och Brennan till pojken. Senare upptäcker dom att det är pojkens mamma, som fått sin son kidnappad för att hindra att han tas.

Shalimar stoppar tre andra mutanter från att spränga Biocorp, men dom kommer undan och en av dem har verkat vara sjuk. Det dröjer inte länge förrän en av dem dör, och Adam försöker att bota de andra.

Adams gamla flickvän Danielle som besitter förmågan att göra sig själv osynlig, stjäl hans gensequencer för att få hans uppmärksamhet. Han går med på att träffa henne, men en mutant stjäl den i sin tur från henne. Danielles kraft är bortom hennes kontroll och Adam behöver apparaten för att kunna bota henne.

Maddie, en av Brennans Nya Mutant 'vänner' leder honom och Emma in i en GSA fälla. Maddies nya *puls* och Brennans elskott splittrar Emma till två separata människor. En av dessa flyr tillsammans med Brennan, men hon uppför sig skyggt, senare gör dom ett avtal med Eckhart för att göra slut på honom.

Jesse träffar sin pappa Noah, som är på flykt från Nexogen på grund av att han har fått tag på komprometterande bevis mot dem. Han försöker sedan att utöva utpressning mot Nexogen, men Mutant X upptäcker hans plan, och Jesse förstör informationen.

Charlotte har förmågan att vända en persons 'livskompass'), Mutant X befriar henne från GSA. Men hon infekterar Adam, och gör honom ond. Adam vänder sig då mot Mutant X, vilket kan sluta illa då han känner till deras svagheter.

Emma träffar Caleb vid en bar men när dom gått ut bakvägen, suger Caleb ut hennes livskraft, men Brennan träder emellan. Det visar sig att Caleb är en vampyrliknande varelse, som kan återuppväcka sig själv efter att han livnära sig på andra. Shalimar går senare till klubben för att döda Caleb.

En gammal vän till Emma, som även är en tele-cyber vilket ger henne förmågan att ta kontroll över datorer med en tanke. Hon hoppas att kunna bli befordrad av Eckhart, så hon arrangerar Emmas tillfångatagande för att blidka honom.

Någon lägger skulden för mordet på en ny Mutant vid namn Mark, på Adam. Denne stjäl sedan Adams minnen. Eckhart övertygar sedan Adam att han arbetar för Genomex.

Eckhart försöker få tag på det Fabege ägg, som innehåller ett mikrochip för att kontrollera den fria viljan. Brennan och Emma gör allt för att stoppa Arties försök att stjäla ägget åt Genomex.

Brennan och Shalimar försöker rädda en Ny Mutant vid namn Henry, som genom en olyckshändelse smittar Shalimar. Vilket försätter henne i en koma, fångad i ett drömland med sin största skräck. Henry är övertygad om att Mutant X hade varit inblandade i hans frus mord, vilket gör att han även infekterar Emma, Jesse, Brennan och Eckhart.

Lorna en Ny Mutant, attraherar Brennan med sina feromoner så att han hamnar under ett slags *kärlekstrollformel*. Både hon och Mutant X försöker att få tag på ett datorvirus som kallas Anomite. Brennan går sedan emot Mutant X, sedan tar han och Lorna Anomite, och ingår ett avtal med Eckhart.

Mutant X krafter börjar att förstärkas okontrollerbart och Patient Noll, den första Nya Mutanten som skapades som fått alla förmågorna. Det är psykopaten Gabriel får fatt på Nya Mutanters databas, och iscensätter en kupp vid Genomex och placerar Eckhart i en kapsel.

Proxy Blue påstår sig ha bildmaterial som visar Brennan och Jesse under en fight: Bevis på att Nya Mutanter existerar. Minhouse har disken med denna information, men Mutant X och Eckhart spårar upp honom.