Alla på Jorden är uppspelta på grund av en komet som ska passera klotet, men när dess bana ändras till en kollisionskurs börjar alla att bli panikslagna. Det visar sig sen att kometen är en stor ljusboll som när den exploderar, lämnar den efter sig 4400 människor. Det är saknade personer som varit borta i flera månader, och upp till 60 år utan att ha åldrats något alls.

Dessa 4400 blir placerade i karantän och blir till slut utsläppta. En del av dom återvändande börjar så småningom att visa upp främmande och okontrollerbara nya förmågor. Dom två agenterna från Hemlandsäkerheten Tom Bishop och Diana Skouris, får uppdraget att ta reda på vad dom 4400 varit med om.

Carl Morrissey är en enkel supermarketanställd som råkar vara en av dom 4400 bortförda som återvänt. Han använder sin nyfunna förmåga, som består av förstärkta reflexer och styrka, till att bli en brottsbekämpare i sitt grannskap. Men detta brottsbekämpande visar sig vara alltför farligt även en med sådan styrka.

Under tiden efter att ha flyttat ihop med Lily, försöker Richard hitta ett arbete och har svårt att ha att göra med att Lily säger att hennes bebis kan kommunicera med henne.

Tom och Diana skickas iväg för att utreda ett mord som liknar en seriemördares förfaringssätt, och som aldrig greps eller hördes av på 25 år. Deras förste misstänkte är Oliver Knox, en av dom 4400. Men Knox alibi för mordkvällen och att en annan man som erkänner detta mord och alla dom andra brotten.

Men Tom och Diana misstänker att Knox på något sätt gör att folk dödar för honom, och försöker ordna en fälla.

Under tiden har folk börjat att bli fientliga mot dom 4400, och Jordan Collier bestämmer sig för att organisera hemvändarna. Men Richard känner sig illa till mods när det gäller Colliers intresse i dem.

Dom 4400 angrips i en serie brandbombsattacker efter att journalisten Barbara Yates, gjort deras namn och adresser kända för allmänheten. Tom, Diana och Ryland att sätta stopp för dessa bomber, samtidigt som Tom försöker att ta itu med Kyles oroande uppträdande, och Diana försöker riktigt hårt att vara en god surrogatmamma till Maia.

Men Hemlandets Säkerhets agenten Warren Lyttels ankomst från Washington, gör deras arbete ännu tuffare. Jordan Collier försöker att tillhandahålla sina anhängare med en tillflyktsort, men Richard och Lily börjar att ifrågasätta hans avsikt när bombningarna tilltar i styrka.

Tom blir rasande när han får reda på, att Lyttel tagit hans son Kyle och fängslat honom. Diana erbjuder sig att hjälpa honom få tillbaka Kyle. Samtidigt misstänker Richard att Collier ta kontroll över Lilys liv, och så fort som Collier avslöjar sina syften lämnar Richard och Lily leave Arcadia Estates.

På en annan plats fräser Danny åt Shawn när han får reda på att han och Nikki har legat med varandra. Tom och Diana får till slut reda på vad som verkligen hände dom 4400, vilket lämnar en oroande fråga: Är detta slutet, eller bara början?

En ung sekreterare går under jorden efter att företaget hon arbetar för, (en front för ett Nationellt Säkerhetsagentur dataanalyskontor) blivit förstört i en explosion. Hon blir den huvudmisstänkte, och Parker skickas tillbaka i tiden för att gripa henne. Men han ställer sig på hennes sida, och hjälper henne att hålla sig ett steg framför hennes förföljare som vill fånga henne död eller levande.

Precis när Parker och Olga börjar att bli romantiskt involverade, dyker Olgas make upp en Chrononaut som hon trodde dött för länge sedan. Efter att ha försvunnit under en Rysk tidsresa flera år tidigare, och kräver tillbaka sin fru och blir inbjuden att gå med i BackStep-teamet. Men Parker och Ramsey misstänker att han har dolda planer.

Donovan begår ett oförklarligt våldsdåd när han och Parker blir hedrade i Vita Huset, vilket leder Parker till en chockerande upptäckt angående deras militära förflutna. Han och hans kamrater hade blivit hypnotiserade, och att dom sedan hade blivit beordrade att lönnmörda världsberömda vetenskapsmän.

Ett av USA:s kommunikationscenter tas över av utländska terrorister som vilseleder Amerikanska soldater till att bomba en Amerikansk bas i utlandet. Någonting går snett med Parkers BackStep, vilket lämnar Parker tänkande som en tio årig pojke.

Efter en katastrofal konfrontation mellan en religiös kult och USA:s regering, skickas Parker tillbaka i tiden för att göra händelsen ogjord. Han och Olga uppträder som man och hustru för att infiltrera lägret, och för att där förhindra en explosion som kommer att skada utländska relationer. Komplikationer: En reporter upptäcker existensen av Operation BackStep, och avslöjar storyn till världen.

En Rysk ubåt fastnar på en ishylla, och dess kärnvapenbränsle släpps av misstag ut och blir ett fruktansvärt giftigt avfall. För att förhindra ett myteri och en möjlig kärnvapenkatastrof, försöker Parker att återställa ordningen ombord på den obrukbara Ryska ubåten som leds av en sjukligt självupptagen officer.

Parker måste gå tillbaka i tiden för att förhindra lönnmordet på en lejd mördare, som är på väg att tillhandahålla vital information om flera terroristorganisationer. Efter ett synnerligen stormigt tidshopp. Dödas Parker eller så verkar det på det sörjande BackStep-teamet. Nu blir en okroppslig Parker på något sätt övertyga Olga, att han inte är död.

Vice Presidentens utomäktenskaplige dotter som är en Pilot i Flygvapnet, blir nedskjuten på fiendens sida över Bosnien. Efter att hon dödats tillsammans med hennes undsättningsteam. Blir det Parker som måste hoppa tillbaka i tiden för att förena sig med undsättningsteamet i Bosnien, för att säkerställa uppdragets succé.

Olga blir kidnappad och ersatt av en dubbelgångare, som har avsikt att stjäla Operation BackSteps hemligheter. En oväntad hake: Den nya Olga fattar tycke för Parker, hon kanske till och med älskar honom till döds.

En före detta BackStep-pilot saboterar sfären, vilket tvingar teamet till en jakt efter original tidsresemaskinen som finns gömd i Amazonas regnskogar.

Ett Sudanesiskt gäng rånar banker för att få tag på pengar för att befria en förslavad by, men något går snett; BackStep-folket befinner sig i Las Vegas för lite Semester och kul.

Parker avslöjar en mörkläggning som involverar UFO:s och utomjordingar, när man utför en BackStep för att stoppa ett giftutsläpp.

Parker måste finna och döda en hackare som är ansvarig för flera CIA agenters död, men han undviker lönnmordet när han upptäcker att hackaren är en autistisk vetenskapsman.

Parker måste stoppa en utomjording från att fly från Roswell och orsaka förödelse på ett kärnkraftverk, som dödar tusentals människor. Parker upptäcker ett hemligt labb med lämningar från Roswell, N.M., krasch platsen, inkluderat en utomjording som är kopplad till livsuppehållande apparater.