Efter att Gauis Baltar anklagats för förräderi av ingen annan än nummer sex, som kommit ombord föreställande en Shelly Godfrey. Och medan Galacticas besättning utreder saken, lämnas Baltar för att grubbla över sitt öde och sin egen plats i världen.

En annan dag, och ett annat gräl mellan Gauis Baltar och nummer Sex. Han vill ha sex, men vill prata om gud. Trots allt det som inträffat, ser en stor del av honom henne som en illusion, absolut inte någon att diskutera universums gåtor med. Han dras ut ur sin fantasi, av ett samtal från CIC.

Vad är det den här gången? När han går in, är Sex redan i CIC, där hon pratar med Befälhavare Adama! Alla kan se henne! Baltar känner det som om han sitter i ett skruvstäd, när hammaren faller: Sex som kallar sig själv Shelly Godfrey, har anklagat honom att vara en förrädare, och talar om för Adama och alla andra att han är ansvarig för Cylons angrepp.

Denna anklagelse är en jättesensation, inte minst för Baltar själv, som blir så paff att han knappt hör del två. Att Shelly/Sex har bevis för hans förräderi: En inspelning av en säkerhetskamera, visar någon som tar sig in i Capricas försvarsdator utan tillåtelse några dagar innan Cylonerna anfaller. Även om ansiktet från sagda person är suddigt, insisterar Shelly på att, när filmen fixats kommer den att avslöja Dr. Baltar som förrädaren.

Även om Adama är skeptisk, måste han ändå ta dessa beskyllningar på allvar. Gaeta som tidigare var Baltars trogna medhjälpare, har fått ansvaret för disken med filmen. Under tiden som utredningen pågår blir Baltar av med sina säkerhetstillstånd, och hans arbete med Cylonavkännaren stoppas. Men Adama ifrågasätter fortfarande Shellys berättelse, speciellt som huvuddelen av den ska hon ha fått av den döde Dr. Amarack, hon påstår att hon varit hans älskarinna.

Naturligtvis vet vi att Amarack i själva verket hade vetskap om Baltars dubbelspel, kunskap som gick förlorad med Amarack ombord på Olympic Carrier (33). Senare under ett möte med Shelly, börjar Adama att slå hål i hennes berättelse, då börjar Shelly att agera mer som den Nummer Sex vi känner. Och subtilt förföra Adama, som hon gjort med så många andra människor tidigare inklusive Baltar. Det fungerar nästan, men Adama lyckas att undkomma hennes charm… den här gången.

President Laura Roslin tror inte heller på påståendena, speciellt efter Dr. Baltars roll i hennes återuppbyggnadsplan. Men Baltars skuld eller oskuld hamnar på en säker andraplats, när det gäller Lauras bekymmer angående hennes cancer. Den börjar att bli allt mer fysiskt försvagande och när hon sitter i telefon med Baltar, kollapsar hon. Hennes assistent Billy som börjar att få det allt tuffare att hålla presidentens cancer hemlig, säger till pressmedlemmarna att det berott på en släng av influensa.

Under tiden fortsätter Kara Thrace sin rehabilitering från skadorna som hon ådrog sig på det röda planeten (You Can't Go Home Again). Hon är inte van vatt hållas borta från action, så man kan lätt säga att hon är lite stirrig. Hon får till slut något att göra, när Lee Adama anmäler henne som frivillig att hjälpa till med analyseringen av den Cylonfighter som hon flög tillbaka till Galactica med. Lee bara vet att den kan bli mycket användbar för dem i framtiden, men också att jobbet kan höja Karas kampanda.

På Caprica har Sharon återförenats med Helo. Sharons kidnappning av Cylonerna har fört dem två närmare varandra, och han avslöjar till sist sina känslor för henne, Känslor han haft sedan långt innan Cylonernas angrepp. Okänt för honom är detta naturligtvis i Cylonernas planer, vilket förstärks av att Sharon ger honom en kyss.

Den andre Sharon ombord på Galactica, fortsätter att kämpa med det faktum att hon kan vara en Cylon. Någon har skrivit ordet Cylon på insidan av hennes skåpdörr, och hon misstänker att denne någon är hon själv.

Samtidigt försöker Baltar resonera med Shelly/Sex, men hon vägrar att lyssna på honom. Hon är ute efter att korsfästa honom. Baltar börjar även att tro att Shelly och Sex, i själva verket är två olika personer. Han bestämmer sig för att ta saken i egna händer, och bryter sig in i labbet för att upptäcka att Gaeta har förtydligat fotot och att den avslöjar Baltar!!! Utan några som helst tvivel. Den chockade Baltar märker inte att han satt igång ett säkerhetslarm, och när Adama och vakterna tar sig in genom labbets dörr, fångar dom in den gode doktorn på bar gärning. Har förs omgående till skeppets arrest.

Baltar är vettskrämd, han lämnas ensam för att grubbla över sitt öde. Ensam i sin cell, ber han till gud att ha förbarmande för honom, och hans många synder. Och han svär att om han räddas, kommer han att ägna hela sitt liv till att vara gudens sanna tjänare. Vid det ögonblicket dyker Sex upp, hon håller honom och försäkrar honom att allt kommer att ordna sig. Därefter kommer en annan överrrakning, när Gaeta dyker upp och informerar Baltar att han upptäckt att fotot var fejkat.

Cylonerna har försökt göra sig av med Baltar, på grund av hans arbete med Cylondetektorn, och dom ville inte att hans arbete skulle lyckas. Baltar släpps fri och upptäcker att Shelly Godfrey försvunnit spårlöst, och en människojak pågår över hela flottan.