Med Adama skadad tar Överste Tigh över hans position som befälhavare på Galactica. Flottan gör ett nödlägeshopp, men på grund av ett problem med Gaeta, skickar inte Galactica iväg dom korrekta hoppkoordinaterna och flottan följer inte efter Galactica.

Boomer befinner sig i arresten, och har råkat försäga sig att hon är en Cylon. Ombord på Caprica flyger Boomer iväg med Starbucks Cylonfarkost.

Galactica har lyckats att förena sig med den övriga flottan, men har fått betala ett fruktansvärt pris: Ett datavirus från Cylonerna har tagit sig in i dess Datorer. Överste Tigh vet från besk erfarenhet, vad Cylonerna planerar. Centurions är ute efter att spränga skeppet, och dom kommer att döda besättningen genom att släppa ut skeppets luft för att sen vända dess vapen mot den övriga flottan.

Det är endast Lee som Tigh föraktar för hans "illojalitet" mot Befälhavare Adama och hans lilla pluton marinsoldater som befinner sig i position för att stoppa Cylonernas bordningsgrupp. Under tiden på Cylon-ockuperade Caprica, bryter sig Starbuck och Helo in i hennes gamla lägenhet och startar upp hennes gamla pickup. Ljusår från Kobol, återvänder Tyrol och hans besättning från sitt riskfyllda uppdrag för att få tag på mediciner till Socinus, endast för att upptäcka att den skadade mannen inte kommer att klara sig.

Adama är fortfarande sjukskriven. Och gänget på Kobol letar efter en utväg för sin nuvarande situation, när dom upptäcker att Cylonerna har byggt ett antiflygvapen, designat för att förinta räddningsskepp som är på väg. Crashdown måste leda en grupp på en räd för att förstöra vapnet innan deras räddning kan komma. Ombord på Galactica har helvetet brakat lös.

President Roslin lider av abstinenssymtom från sin medicinering, och Överste Tigh hamnar i bråk med de Tolv av Quorum. Trött på deras inblandning, förkunnar han undantagstillstånd.

Undantagstillståndet får kritiska effekter, då flottan vägrar att fylla Galacticas förråd. Chiefen blir arresterad som misstänkt att vara Cylon, och det är upp till Gaius Baltar att styrka hans oskuld. Presidenten med assistans från Lee Adama, flyr ur sin fångenskap ombord på Galactica och tar sin tillflykt till Cloud 9 med hjälp av den mest osannolika hjälpen.

På Caprica hittar Starbuck och Helo en grupp med 53 överlevande.

En vecka efter förra avsnittet, återvänder Adama och återtar befälet över sitt skepp. Han ger order om ett skepp till skepp sökande efter Presidenten, men dom hittar henne inte innan hon skickar ut ett meddelande och informerar dom andra skeppen i flottan att hon vet var Jorden ligger, och att hon ska leda dem dit.

Över en tredjedel av skeppen lämnar Galacticas skydd, och hoppar tillbaka till Kobol för att vänta på Starbucks återkomst.

På Caprica har Starbuck blivit skjuten och behandlas för sina skador, i ett underligt sjukhus. Boomer på Caprica återvänder till Helo, och hjälper honom i en räd mot det sjukhus som Starbuck befinner sig i vilket leder till en kuslig upptäckt.

President Roslins sköra koalition sätts under svåra prov, och Adama fortsätter kampen med sin son förräderi. Starbuck, Helo och Boomer återvänder från Caprica och ger sig av mot Kobol för att söka efter Athenas gravkammare.

Adama sätter kursen mot Kobol för att hitta Roslin, och samlar ihop flottan igen och tar ner till Kobol själv med huvuddelen av huvudkaraktärerna, för att söka efter presidentföljet i deras sökande efter "Athenas gravkammare" som påstås leda till Jorden. Dom två grupperna möts, och Adama och Roslin stifter fred mellan varandra och fortsätter sin expedition.

Apollo hänger med Starbuck , Zarek försöker hålla sin kumpan från att konspirera med Boomer som är ovetande om dom spänningar som byggts upp mellan Helo och Tyrol. När dom kommer fram till gravkammaren, en uppgörelse mellan Boomer, Adama och Zareks polare sätter igång men huvudkaraktärerna i gruppen går sen in och finner sig själva transporterade till Jorden.

En reporter skickas till Galactica för att skriva en krönika över det livets stränga verklighet, under krigstider.

Stridskeppet Galactica utsätts för ett datorvirus från Cylonerna, vilket hotar att döda dess besättning. Detta tvingar Adama att gå till deras Cylon-fånge. Chefstekniker Tyrol kastar sig själv in i den omöjliga uppgiften, att bygga en Viper från ingenting.

Besättningen blir chockade att få reda på att Stridsskeppet Pegasus också överlevt angreppet mot Kolonierna, men spänningarna stegras när Pegasus Amiral Cain övertar befälet över flottan. Baltar får uppdraget att undersöka Pegasus egen Cylon-fång, en illa medfaren kvinna som ser ut som Nummer Sex.

Adama och Amiral Cain måste lägga sina meningsskiljaktigheter åt sidan, när dom får nya upplysningar om ett Cylonskt "Återupplivningsskepp." Men ett nytt avslöjande angående Cains förflutna handlande, skulle kunna riva upp deras allians helt.

När rymdskeppen Galactica och Pegasus angriper skeppet som ger Cylonerna möjligheten att laddas ner i en ny kropp och återfödas, samtidigt planerar Adama och Cain varandras lönnmord.

President Roslin ligger på sin dödsbädd, och minns sitt liv på Caprica under dom sista timmarna innan attacken. En terroristgrupp kommer upp till ytan och kräver att man ingår ett fredsavtal med Cylonerna, och Baltar gör en upptäckt angående Cylonen Sharons ofödda barn.

Lee trasslar in sig i en maffialiknande grupp brottslingar, när han utreder mordet på en koloniofficer. Han återförenas även med sin gamla kärlek.

Koloniflottan plågas av en galen Cylon-raider, ett levande skepp som fortsätter att angripa flottan i överraskningsräder.

En kvinna som förlorade sin make till Cylonerna, tar Cloud Nines salong gisslan. Hon kräver att Adama överlämnar Cylonen Sharon till henne, så att hon kan få sin hämnd.

Spänningarna ökas mellan Lee, Kara och den nye kaptenen på Pegasus, när en Raptorbesättning försvinner. När en gravid flicka anländer och söker en fristad på Galactica, sätter detta igång politiskt kaos för President Roslin.

De reinkarnerade Nummer Sex och Sharon kämpar med sina gamla liv på Caprica, där dom är Cylonernas hjältar. Ombord på Galactica föder en annan Sharon sitt hybridbarn.

När Roslin och Baltar kämpar för position inför presidentvalet, leder Kara ett farligt uppdrag tillbaka till Caprica för att rädda medlemmarna i motståndsrörelsen.

Med Baltar som är förespråkare för en permanent bosättning på en gömd planet, ställs President Roslin inför ett avgörande etiskt dilemma på valdagen. Besättningen slås med häpnad när Cylonerna, skickar representanter med en fredstrevare.