Tyr visar en inspelning för Dylan som visar hur Riddarna av Genetisk Renhet dödar Nietzscheaner i sin strävan efter ett universum som endast innehåller rena Människor. När Dylan frågor Tyr varför han bryr sig så mycket angående Genitemassakern, alltsedan hans egen flock hade utrotats av andra Nietzscheaner. Men Tyr undviker frågan och påminner Dylan om löftet om ett allomfattande Samvälde där Nietzscheaner, så väl som icke människor ska bli välkomnade. 'Jag hatar när han har rätt,' mumlar kommendören. Privat tittar Tyr på en annan inspelning -- denna är från hans fru Freya, som ber honom att rädda Orcastammen innan Genites slaktar dem. Även om Beka så väl som Dylan har tvivel angående Tyrs motiv, Dylan vet att Genites representerar ett hot mot alla i hans besättning förutom Harper. Som är den ende ombord utan några genetiska förbättringar. En kortvarig konversation med Genites kommendör Gorace förstärker hans tro att det inte är någon idé att förhandla med detta nya mäktiga hot.

Besättningen ordnar en fälla för Genites i vilken Harper gör gällande att vilja hoppa av till dem, för att få Gorace att sänka sitt försvar precis när Andromeda öppnar eld. Under tiden har Tyr tagit Maru för att bege sig till Orcaflocken. Där spårar han upp och älskar med Freya, för att sedan få reda på att hon har fött hans son Tamerlane. Men Dimitri som numera leder flocken, har behandlat Freya och barnet illa på grund av det lidande som Tyr vållat Orca. Tyr tror att han kan fly med endast Freya och Tamerlane, och lämna resten av Orca till Genites. Efter en kamp som visar sig vara dödande för Dimitri, ber matriarken Olma Tyr att bli den nya Alfan och hjälpa dem alla att fly. Annars kommer dom inte att låta honom få hålla sin son, som dom tror är den förebådade genetiska reinkarnationen av Drago Museveni -- Nietzscheanernas Messias.

Gorace fäller hundratals parasitdrönare i ett försök att slå sig igenom Andromedas skrov, vilket tvingar Dylan till att beordra en farlig flygning genom en planets atmosfär för att rensa skeppet från dem. När dom blivit rena från dessa drönare, sätter han kursen mot regionen där Orcaflocken gömmer sig. Förklaringen att han tror att Tyr har begett sig dit för att finna sin fru chockar Harper och Beka. Under tiden har Tyr upptäckt att Olma har skickat iväg ett meddelande som innehåller Tamerlanes DNA-mönster i ett försök att fastställa sannolikheten för att den matchar Drago Musevenis, trots att hon inte kan bevisa sin tro; hon är ovetande om att Tyr har gömt Stamfaderns kvarlevor ombord på Andromeda. Tyr blir rasande över detta brott mot säkerheten, för han är säker på att Genites snappat upp meddelandet och anfallit flocken för att hindra den förespådda återföreningen av Nietzscheanerna.

Dylan skickar ett meddelande till Tyr med en varning att Genites har anlänt till systemet. Han blir överraskad när Tyr bekräftar att han fått meddelandet, och lämnar ut sin position till både fienden och till Andromeda. Tyr skickar Orca till transportfordonet och talar om för Olma att hon kan följa med dem, men han planerar att ta Tamerlane, och hon väljer att stanna vid hans sida. Freya offrar sitt liv för att försäkra sig om att Tyr och Olma kommer undan med barnet. En rasande Gorace anropar Dylan med rapporter om den Nietzscheanska Messiasen när hans skepp går till attack mot Orcas transportfarkoster.

Andromeda kan endast hjälplöst se på medan flocken tillintetgörs. Dylan insisterar på att man ska söka efter överlevande i fem dagar, långt efter att Harper föreslår att man ska ge upp. När dom till sist finner Tyr, berättar Nietzscheanen tårfyllt en story om hur Olma och hans son dödats, men Dylan undrar om han inte har gömt barnet i säkerhet på en planet för att växa upp. Tyr nekar till detta, men i hemlighet testar han Tamerlanes DNA mot Drago Musevenis och upptäcker att dom matchar, samtidigt på en okänd värld sjunger Olma för spädbarnet.